Asal-usul terjadinya Desa Waung, letanya pada dunia di 07° 35’ 617” lintang selatan dan di 112° 03’ 240” bujur timur, sedangkan ketinggian diatas permukaan laut pada awal semula 46 m, posisi sekarang 41 m diatas permukaan laut. Kependudukan awal mulanya atau yang babat hutan pertama adalah, ketika ada remain-ramainya perang Kerajaan Mataram, banyak orang-orang dari Kerajaan Mataram mengungsi di hutan daerah ini. Kebetulan ada sumber air, sehingga orang-orang pelarian dari Kerajaan Mataram pada waktu itu singgah disini dengan membuat tenda-tenda yang akhirnya menebangi pohon-pohon yang ada disekitar sini membuat permanen menetap disini.
Ketika menebangi hutan disini, orang-orang pendatang tersebut menemukan banyak pohon aneh, oleh orang-orang tersebut diteliti katanya pohon Waung, sehingga daerah ini disebut Desa Waung.
Selanjutnya orang-orang tersebut kerasan di daerah ini, mengingat sumber air minum ada, pengolahan tanahnya mudah digarap dan subur, penghuninya makin lama makin berkembang, akhirnya sumber air yang ditemukan tersebut digali dan dibuat sumur besar hingga saat ini sumur tersebut diberi nama Sumur Gede. Makin lama sumur tersebut tumbuh pepohonan yang disebut pohon beringin, makin lama makin besar hingga sampai menutupi sumur tersebut hingga kini masih hidup, dan tempat ini dibuat punden oleh masyarakat Waung dinamakan Punden Sumur Gede, Sebab sumur ini bias menghidupi orang-orang di Desa Waung, bahkan sampai desa-desa sekitarnya; Desa Kemlokolegi, Desa Baron dan desa-desa lain.
Selanjutnya wilayah Desa Waung makin lama makin berkembang ke selatan dan ke barat. Ke selatan dinamaka Dusun Santren, sebab pada waktu itu di wilayah ini ada didirikan Pondok Pesantren, peninggalan Masjidnya masih ada, akhirnya wilayah tersebut ikut wilayah Desa Baron yang wilayahnya atau batasnya disebut daerah Wates Dusun Padasan, sebelah selatan disebut Dusun Wates, hal ini kami ambil dari sebuah cerita dari Mbah Suparlan yang pada saat ini masih hidup, sedang untuk Desa Waung pemberian nama orang-orang yang babat hutan pertama, pada saat ini disebut Dusun Waung, dalam hal ini kita kutip dari keterangan Mbah Mahkiyar bin H. Iksan Almarhum, hingga saat ini juga masih hidup.
Menurut keterangan Mbah Mahkiyar, pernah didongengi oleh seorang sesepuh Dusun Waung yang bernama Mbah Surodikromo Almarhum dan Mbah Sanusi Almarhum. Sedangkan Mbah Surodikromo dan Mbah Sanusi adalah turunan ke-3 dari salah satu orang-orang Mataram.
Berkembangnya ke barat dinamakan Dusun Krandeg salah ucapan sekarang namanya Dusun Kandeg yang merupakan wilayah dusun di Desa Waung yang paling besar wilayahnya dan juga penduduknya, ini dikutip dari seorang tokoh masyarakat yang bernama Mbah G.W Soegiharto yang sekarang ini masih hidup.
Beliau pernah didongengi oleh sesepuh warga Dusun Kandeg yang bernama Mbah Ndojo Pawiro ketika hidupnya dan sekarang sudah almarhum.
Mulo bukane pemberian nama Dusun Kandeg tersebut diambil dari sebuah pohon besar bernama Randu dimana pohon tersebut di atas ada sarang tawon Gung yang sangat besar, sehingga pada waktu orang-orang lewat disitu banyak orang yang ke yungyun mandeg disekitar situ salah satunya adalah orang-orang pelarian dari Kerajaan Mataram yang bernama Mbah Iroseno salah satunya yang babat hutan di wilayah Kandeg ini, hingga kini makam Yang Iroseno sekalian garwo, disebut punden Yang Iroseno, yang babat Dusun Kandeg.
Desa Waung berkembang yang akhirnya ada pemerintahan. Pada pemerintahan pertama dipimpin oleh Lurah bernama Mbah Sarigo dari tahun 1885-1900, tempat pemerintahan pada waktu itu letaknya di timur Polsek Baron. Di Dusun Kandeg, beliau tidak tentram dan tidak kuat lantas pindah ke Dusun Waung, akhirnya pusat pemerintahan menetap di Dusun Waung hingga sekarang. Pemerintahan kedua dipimpin seorang Lurah aran Mbah Ompong sebab giginya ompong, pemerintahannya sejak tahun 1900-1905. Pemerintahan ketiga dipimpin oleh Lurah aran Mbah Putul, sebab kakinya putul satu, pemerintannya sejak tahun 1905-1932.
Pemerintahan keempat dipimpin oleh Lurah bernama Mbah Sastro Widjojo Sarjdan sejak tahun 1932-1956. Pemerintahan kelima dipimpin oleh Lurah bernama Mbah Kukuh Soewardi sejak tahun 1956-1990. Pemerintahan selanjutnya yang keenam oleh Kepala Desa bernama Kukuh Wahyono sejak tahun 1990-1997. Selanjutnya pemerintahan yang ke tujuh dipimpin oleh Kepala Desa bernama Drs. Sugeng Widodo sejak tahun 1997-2001. Tahun 2001-2003 pimpinan pemerintahan kosong, masa transisi peralihan perundang-undangan, pimpinan pemerintahan dijabat oleh seorang Pj bernama Bapak Suparno merangkap sebagai Sekretaris Desa (Sekdes). Yang terakhir pemerintahan dipimpin oleh Bapak Kukuh Wahyono lagi sejak 2003 hingga berakhir pada 2013, karena kebetulan pada masa kepemimpinan Bapak Kukuh Wahyono yang kedua Undang-undang berubah bahwa jabatan Kepala Desa adalah 10 tahun. Sedangkan Pimpinan Desa atau Kepala Desa selanjutnya adalah diduduki oleh M. Heru Fahmi, yang memenangkan perolehan suara melalui Pemilihan Kepala Desa periode tahun 2014 hingga 2019.
Demikian Sejarah Desa Waung ini dibuat agar kedepan dapat memberikan wawasan kepada pemerintah dan masyarakat pada umumnya.
